Omeka S maakt gebruik van relationele databases om zijn gegevens op te slaan en te beheren. Standaard gebruikt Omeka S MySQL of MariaDB als database management systeem. Omeka S maakt verbinding met de database via PHP en het Zend Framework, een PHP-bibliotheek die helpt bij het bouwen van webapplicaties.

In Omeka S worden de gegevens opgeslagen in verschillende tabellen die met elkaar zijn verbonden via relaties. Zo zijn er bijvoorbeeld tabellen voor items, itemsets, media, gebruikers en object sjablonen (resource templates). De relaties tussen deze tabellen stellen Omeka S in staat om complexe query's uit te voeren en gegevens te presenteren op een gestructureerde en zinvolle manier.

Wanneer je Omeka S installeert, worden de database en tabellen automatisch aangemaakt en geconfigureerd op basis van de gegevens die je tijdens de installatie verstrekt. Het is belangrijk om een back-up van de database te maken voordat je grote wijzigingen aanbrengt of updates uitvoert, zodat je de gegevens kunt herstellen als er iets misgaat.

In het algemeen hoef je als Omeka S-gebruiker niet rechtstreeks met de relationele database te werken, omdat de meeste interacties met de gegevens via de webinterface of API verlopen. Echter, als je geavanceerde aanpassingen of integraties wilt uitvoeren, kan het nuttig zijn om enige kennis te hebben van relationele databases en SQL.

Voor het importeren van data uit een andere relationele database is er maatwerk nodig om de juiste mappings te maken, hier zijn ook specifieke modules voor beschikbaar.